Methylation-Specific MLPA
Methylation-specific MLPA (MS-MLPA)는 SALSA® MLPA® 기술의 변형입니다. MS-MLPA를 사용하면 동시에 여러 표적에 대한 메틸화를 반정량적으로 프로파일링할 수 있습니다.
MS-MLPA 프로브
일반 MLPA probemix와 마찬가지로 MS-MLPA 프로브믹스에는 특정 게놈 시퀀스를 대상으로 하는 프로브가 포함되어 있습니다. 각 프로브는 왼쪽 및 오른쪽 프로브 올리고뉴클레오티드 (LPO 및 RPO)의 두 부분으로 구성됩니다. MS-MLPA probemix의 일부 프로브는 메틸화 민감 HhaI endonuclease에 대한 제한 부위가 포함된 영역을 대상으로 합니다. 이 프로브는 메틸화 프로파일링에 사용할 수 있습니다.
MS-MLPA의 원리
프로브는 샘플 DNA의 표적 서열에 혼성화됩니다. 그런 다음 HhaI 효소가 메틸화되지 않은 이중 가닥 프로브-DNA 복합체를 분해하는 데 사용됩니다.
메틸화되지 않은 샘플 DNA를 가진 복합체는 소화됩니다. 소화된 프로브는 기하급수적으로 증폭될 수 없으므로 시그널이 생성되지 않습니다. 메틸화된 샘플 DNA를 가진 복합체는 HhaI에 의해 소화되지 않으며, 정상적인 시그널을 생성합니다.
MS-MLPA 반응
MS-MLPA의 스텝은 MLPA의 스텝과 매우 유사합니다. 가장 중요한 차이점은 반응이 밤새 혼성화한 후 소화되지 않은 반응과 소화된 반응으로 분리된다는 것입니다.
소화되지 않은 반응은 사본 수 결정에 사용됩니다. 메틸화 프로파일링에 사용되는 소화 반응에서 HhaI 효소는 Ligase-65 효소와 동시에 추가됩니다.
데이터 분석
Coffalyser.Net™이 데이터를 분석하는 데 사용됩니다. 사본 수는 일반 MLPA와 동일하게 소화되지 않은 반응을 사용하여 결정됩니다. DNA 샘플의 메틸화 백분율은 소화 반응의 각 프로브 시그널을 소화되지 않은 반응의 해당 시그널과 비교하여 결정됩니다.
